سونوگرافي سه بعدي و چهار بعدي جايگزين سونوگرافي ساده نيستند و بايد به عنوان مكمل سونوگرافي ساده در صورت تشخيص پزشك مبني بر احتمال وجود ناهنجاري استفاده  شود. دربیشترز مواردبرای  تشخیص ناهنجاری  در جنین، سونوگرافی دوبعدی کافی است.  سونوگرافي سه بعدي و چهار بعدي در مراحل اوليه بررسي علمي قرار دارد و  كاربرد علمي آن در بسياري از موارد ثابت نشده و ممكن است كه اثرات مخربش در سال‌هاي آينده مشخص شود. امواج اولتراسوند در سونوگرافی سه بعدی و چهار بعدی انرزی زیادی به بافت های جنین وارد می کند و چنانچه زمان انجام آن طولانی باشد مانند مايكروويو عمل كرده و از نظر تئوري حتي مي‌تواند مايع آمنيوتيك ( آب اطراف جنين) را به جوش بياورد و بافت‌هاي بدن جنين را دچار آسيب كند و حبابها وحفراتی در بافت های جنین ایجادکند.
 سونوگرافي سه بعدي و چهار بعدي در صورتي كه جنين در وضعيت مطلوبي قرار داشته باشد حدود 25 دقيقه طول مي‌كشد و در موارد چند قلويي مدت زمان بيشتري نياز دارد .در حال حاضر به‌ دليل ‌آگاهي نداشتن نسبت به خطرات احتمالی اين نوع سونوگرافي‌ها، مادران اغلب براي تعيين جنسيت جنين يا تهيه عكس سه بعدي براي استفاده در آلبوم نوزاد اقدام به انجام اين سونوگرافي‌ها مي‌كنند كه هيچ كاربردی منطقی نیسب. قرار گرفتن در معرض امواج سونوگرافي به‌مدت 30 دقيقه يا بيشتر نيز مي‌تواند(ممکن است) مشكلات قابل ملاحظه‌اي را هر چند در مقياس كوچك براي جنين ايجاد كند.
البته در مواردی به دلیل دقت تشخیصی بالاتر استفاده از سونوگرافی سه و چهار بعدی لازم میگردد.
.